疟疾感染病人的RNASeq研究如何做

谁说只做RNA-Seq发表不了高分文章，谁说一定要把所有的高通量检测技术都用上才能发表高分文章？

只要是对民生有意义的研究目的，再加上一点稍微独特的分析设计（跟临床相关），只做一种高通量RNA-Seq也能发表14多分的文章呢（GenomeReaserch，5年平均影响因子：14.63）！

什么？你不信？

下面小编就带你看看年，东京大学医学基因组学系的YutakaSuzuki教授课题组是怎么做到的！

疟疾是一种由疟原虫造成的，通过以按蚊（现在正疯狂的寨卡病毒也是主要被其可恶的同伙伊蚊传播的呢）为主要媒介传播的全球性急性寄生虫传染病。本病是由雌按蚊叮咬人体，将其体内寄生的疟原虫传入人体而引起的。疟疾是以周期性冷热发作为最主要特征，脾肿大、贫血以及脑、肝、肾、心、肠、胃等受损引起的各种综合征。患者每年在3亿～5亿之间，因患疟疾而死亡的人数在万～万之间，其中大部分为儿童。因其危害非常严重故对其致病机制等研究具有重要意义。

1.对例感染疟疾的病人血液样本提取totalRNA后进行RNA-Seq研究，RNA-Seq得到的tag信息及流程图如下：

图1疟疾病人全血RNA-Seq流程图

2.对RNA-Seq得到的人和寄生虫基因进行归类，详细饼图如下：

图2.RNA-Seq得到的人和寄生虫的tags分布饼图

3.对人和寄生虫中部分基因进行qPCR验证，当然这是所有高通量检测结果都必须经历的一个过程，结果发现两种技术相关性较好（都超过0.8）：

图3.RealtimePCR验证RNA-Seq结果，人基因选择个，寄生虫基因选择个，结果显示测序和qPCR的相关系数分别是-0.83和-0.81

4.针对多种疟疾临床症状进行基因或通路富集分析，并将相关基因的表达模式与临床信息的相关性做了统计：

该篇文章通过对例感染疟疾的病人血液样本提取totalRNA后进行RNA-Seq研究，并分别对人及疟疾基因表达模式等进行综合分析，本研究所有数据为了解疟疾寄生虫疾病变量的行为奠定了一个独特的基础。

JunyaYamagishietal.,InteractivetranscriptomeanalysisofmalariapatientsandinfectingPlasmodiumfalciparum.GenomeResearch,24:–

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